Jonathan Rhys Meyers nasceu com problemas cardíacos, tendo sido hospitalizado durante os primeiros meses de vida.[4] Ainda na infância, Jonathan e a família mudaram-se para Cork, de onde ambos os seus pais, Geraldine Meyers e o músico John O'Keeffe, eram naturais, cerca de um ano depois de ele nascer] Quando Jonny, como é chamado pelos amigos e familiares, tinha cerca de três anos, os seus pais separaram-se. Jonathan e o seu irmão mais novo, Alan, ficaram com a mãe, enquanto os seus dois outros irmãos mais novos, Jamie e Paul, ficaram a viver com o pai e a avó. Todos os seus irmãos tornaram-se músicos profissionais.[7][8] Jonathan teve uma infância tumultuosa, não tendo um bom percurso escolar e lutando contra a pobreza da sua educação. Ele foi expulso da North Monastery Secondary School com dezasseis anos.[4]
Jonathan esteve romanticamente ligado a várias atrizes no passado, incluíndo Toni Collette, com quem fez o filme Velvet Goldmine. Estiveram juntos cerca de um ano, após o fim das gravações do filme. Outros relacionamentos curtos incluem Rachael Leigh Cook (rumor), Asia Argento (durante as filmagens de B. Monkey), a modelo irlandesa Glenda Gilson (rumor),[24] e Estella Warren (rumor). Ele e Scarlett Johansson, ambos atores de Match Point, foram referidos como tendo um relacionamento, ao qual Jonathan negou persistentemente tais rumores de envolvimento romântico, enquanto trabalhava no filme. O seu envolvimento com a socialite/modelo Cha Cha Seigne, a quem ele considera o seu primeiro verdadeiro amor, terminou em separação, em 2002. Ele também foi associado à socialite inglesa Lady Victoria Hervey, no passado, e à modelo Lisa Butcher. Desde 2004, namora com Reena Harmer, herdeira de uma empresa de cosméticos.
